制药厂废水破乳剂的工作原理主要包括：

1. 破乳作用：利用其独特的分子结构与废水中的乳化液界面相互作用，改变油水间的界面张力和界面性质，使得原本稳定的乳状液被破坏并实现油水分层。
2. 脱稳与絮凝：对于废水中的胶体颗粒以及细微分散的有机物，破乳剂可以通过电荷中和、吸附架桥等方式促使它们脱稳并凝聚成大颗粒，有利于后续沉淀或浮选分离。
3. 溶解性有机物吸附：对含有溶解性有机物的废水，破乳剂可提高有机污染物在固液界面上的吸附性能，便于后续生物降解或物理化学吸附处理。

实际应用时，需要根据制药厂废水的具体特性（如水质、pH值、温度、污染物种类和浓度等）进行实验室小试以确定最佳的添加量和使用条件，并结合其他废水处理技术（如混凝沉淀、气浮、生化处理等），确保经处理后的废水达到国家规定的环保排放标准要求。